【思路】
A项：错误。《国家赔偿法》第4条第一项规定：“行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：（一）违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚的；……”第39条规定：“赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。”在甲公司与化肥生产企业的诉讼中，判决认定化肥质量合格，同时根据前述法条可以得知，甲公司申请国家赔偿的权利并未丧失，因此可以依据生效民事判决主张国家行政赔偿。
B项：正确。《国家赔偿法》第7条规定：“……法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关……”《行政强制法》第57条规定：“人民法院对行政机关强制执行的申请进行书面审查，对符合本法第五十五条规定，且行政决定具备法定执行效力的，除本法第五十八条规定的情形外，人民法院应当自受理之日起七日内作出执行裁定。”根据前述法条可以得知，侵犯甲公司合法权益的国家机关为实际实施强制执行的法院，因为该法院对作为强制执行依据的行政处罚疏于审查，因此为赔偿义务机关。
C项：错误。法院生效判决所认定的事实具有证据效力，因此可以作为申请国家赔偿的事实根据。
D项：错误。《国家赔偿法》第36条规定：“侵犯公民、法人和其他组织的财产权造成损害的，按照下列规定处理：（一）处罚款、罚金、追缴、没收财产或者违法征收、征用财产的，返还财产；……（八）对财产权造成其他损害的，按照直接损失给予赔偿。”市农业农村局除返还甲公司财产之外，应对造成的其他损害按照直接损失给予赔偿，而非由甲公司自行承担。
因此，答案为B。
