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国企是国家设立用来赚钱的公司，需要自负盈亏；事业单位是国家补贴的单位，政府拨款，为社会服务。
一、定义不同：
事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织；国企是指国务院和地方人民政府分别代表国家履行出资人职责的国有独资企业、国有独资公司以及国有资本控股公司。
二、控制权不同：
事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体；国有企业由国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色社会主义的支柱。
三、性质不同：
1、事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事务管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。
其上级部门多为政府行政主管部门或者政府职能部门，其行为依据有关法律，所做出的决定多具有强制力，其人员工资来源多为财政拨款。事业单位的登记在编制部门进行。事业单位与职工签订聘用合同，发生劳动争议后，事业单位进行人事仲裁。
2、国企是全民所有制企业的性质。所谓全民所有制企业，实质就是企业生产资料归全体人民共同所有的企业。
