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事业单位改革，将所有事业单位都纳入了改革范围，差额拨款事业单位是其中重要的一部分。差额事业编制的人员怎么改，主要看所在的差额事业单位怎样变化。主要是三条途径。
第一条途径：转为全额事业单位。之所以定性为差额拨款事业单位，主要是因为这类事业单位成立之时，具有一定的收费职能，或者说一定的收入方式。这样，财政保障一部分，事业单位收入一部分，就可以满足事业单位的正常运转，以及人员工资的发放。随着时间的变化，这种情况可能发生了变化。
第二条途径：维持差额事业单位。这类事业单位无论职能职责上，还是运行方式上，都没有发生什么变化，受改革的影响比较小。既承担一定程度的公益职能，又有一定的收入来源，这类事业单位将维持不变，依旧是纳入差额拨款事业单位序列，也就是事业单位分类改革中所说的公益二类。最具代表性的单位就有公立医院、高等院校等。这些单位的人员，可能还是保持差额拨款事业编制人员。
第三条途径：进行整体转企改制。差额拨款事业单位原有一定收费职能，有的也可以参与市场经营，而这类参与市场经营的差额拨款事业单位，很有可能将进行转企改制，变成国有企业。
