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事业单位工作人员开除由主管部门决定。如果是警告、记过、降低岗位等级或者撤职处分，按照干部人事管理权限，由事业单位或者事业单位主管部门决定。其中，由事业单位决定的，应当报事业单位主管部门备案。对事业单位工作人员违法违纪行为初步调查后，需要进一步查证的，应当按照干部人事管理权限，经事业单位负责人批准或者有关部门同意后立案。
一、事业单位辞退的情形
1.事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。
2.事业单位工作人员年度考核不合格且不同意调整工作岗位，或者连续两年年度考核不合格的，事业单位提前30日书面通知，可以解除聘用合同。
3.事业单位工作人员受到开除处分的，解除聘用合同。
4.自聘用合同依法解除、终止之日起，事业单位与被解除、终止聘用合同人员的人事关系终止。
二、事业单位开除和解聘的区别
1.类别、审批时效不同。开除是属于行政处分，而且是最严厉的一种处分。辞退属于行政处理，不属行政处分之列。
2.适用对象及其条件不同。开除处分适用于严重违法乱纪的职工。违纪辞退则适用于指那些大错不犯、小错不断的职工，他们所犯错误程序既够不上开除。
