(一)概念不同：
1.事业单位在编：凡是通过事业编制考试(笔试和面试)即可成为事业单位在编人员，就是已经纳入了该单位的人事编制，就是正式员工。
2.事业单位不在编：事业单位不在编就是本单位自行外聘的人员，就象企业聘用一样，由单位自行规定其待遇，付给其工资，与地方财政没有关系。
(二)福利不同：
1.事业单位在编：有编制的话你的待遇是有保证的，事业单位在编员工完全享受用机构的福利政策(包括节日慰问、年货、旅游等)。
2.事业单位不在编：事业单位不在编人员的绩效工资，住房公积金，住房公积金补贴等比在编人员差一点，只能享受事业单位的部分福利。
(三)晋升途径不同：
1.事业单位在编：有编制的话属于正式员工，根据工龄、能力(社会背景)可以考职称，也可以有其它升职的途径。
2.事业单位不在编：没有编制的话你干几年都是普通科员，原则上不在事业单位晋升范围内。
(四)合同不同：
1.事业单位在编：在编的员工很多都是长期合同或无固定期限合同，由用人机构直接签署。
2.事业单位不在编：不在编的员工合同多为派遣公司代理，也就是所谓的劳务输出，就算是用人机构签订合同，也是短期合同。
(五)在单位地位不同：
1.事业单位在编：有编制的员工有投票权，在竞争上岗、年终互评的时候能发表下意见，日常工作量也不会太大。
2.事业单位不在编：没有编制的话或许就没有投票权，因为你不做有随时走人的风险，所以没有编制的人员往往要承担较大的工作量。
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