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公务员是行政执法主体，主要承担行政管理和执法职能，使用的是行政编制；事业单位是公益服务主体，承担社会公共服务职责，少部分涉及行政支持和辅助，使用的是事业编制。两者在管理关系、工资待遇、发展空间等方面都存在着较大区别。
1、管理关系有从属关系
公务员机关即党政机关，在政府职能机构中占据主导地位，承担管理、监督、执法职责，通俗地讲主要是管人管事，比如各职能局，发改委、财政局、自然资源局、住建局、工信局、教育局、卫健委等等，都是各自行业和领域的管理者。
而事业单位主要集中在科教文卫领域，绝大部分都是行政机关的二层机构或管理对象，比如中小学，归属教育局管理；医院，归口卫健委管理；土储中心，是自然资源局的二层事业单位；中小企业服务中心，是工信局的二层机构等。
2、工资待遇公务员整体更高
公务员有十三薪、车补等福利性补贴，年终绩效考核奖励也比事业单位高，同级相比收入普遍高于事业编。当然，事业单位也有收入高的，比如医生、高校教师、科研院所机构人员，很多都比公务员工资待遇高，但毕竟只是一小部分，整体对比公务员收入水平仍更胜一筹。
3、发展空间公务员更有优势
事业单位受身份和平台限制，提拔晋升相对较慢，越到基层越明显。比如县区事业单位，很多管理岗位人员干一辈子大概率也就是科员。职称岗位相对好点，但多数人最多也是到中级职称水平，相当于行政科级，想上副高以上职称比较难。公务员不一样，本身横向纵向提拔的机会就多，即便提拔不了领导职务，还有职级并行，可以享受相应待遇。
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