一、职责不同
国家公务员分为政务和业务两类。政务类公务员，必须严格依照宪法和组织法进行管理，实行任期制，并接受社会的公开监督。业务类公务员按照中国公务员法进行管理，实行常任制，国家公务员执行宪法、组织法和国家公务员法以及国家公务员条例规定的职责。
事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位一般是国家设置的带有一定的公益性质的机构，但不属于政府机构，与公务员是不同的。
二、福利待遇不同
公务员的工资收入是按照《国家公务员管理条例》的规定发放，并根据国家财政状况进行调资。同时公务员的保险福利、录用、提升、退休、辞退、辞职等是也是按照《国家公务员管理条例》的规定执行。
事业单位人员的工资收入一般不受国家约定，由各事业单位根据市场情况而定。事业单位人员享受的保险福利是按照国家有关的社会保障规定执行，一般要逐步实行社会化。事业单位人员的录用、提升、退休、辞退等是按照国家劳动法的有关规定执行。但事业单位对人员的管理权限要大一些。
三、编制不同
国家机关中除了工勤人员以外的人员都是公务员身份，都属于公务员编制，包括国家机关、共产党机关、民主党派机关、人大机关、政协机关、检察院和法院等。通过国家公务员考试中和省公务员考试来选拨。
事业单位分为参公事业单位以及一般事业单位。参公事业单位是指人员使用事业编制，参照公务员法进行管理。参公改革之后的事业单位在省公务员招考中招考，普通事业单位在事业单位招聘中招考。
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