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补考的时候是考一科。
教师资格证笔试成绩有限期是两年年，一年可以考两次，在两年内考完都没有问题，如果超过两年，就要重新再考。
假如初中教师资格证一年考过一科，最后只过了两科，那么通过的第一科笔试的有效期到了，不用全部都重考，只需要重新报考过期的那一科。
《教师资格条例》中规定：
第十条：幼儿园、小学、初级中学、高级中学、中等职业学校的教师资格考试和中等职业学校实习指导教师资格考试，每年进行一次。
参加前款所列教师资格考试，考试科目全部及格的，发给教师资格考试合格证明；当年考试不及格的科目，可以在下一年度补考；经补考仍有一门或者一门以上科目不及格的，应当重新参加全部考试科目的考试。
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