行政单位是机关，事业单位是实施政府某项公益服务的部门，是社会服务组织。
1、行政单位往往有行政权力，事业单位大多数没有行政权力，也有部分事业机关有行政执行权，大学作为事业单位就有行政权力，如果学校不颁发学位证书，学生认为自己的权利受到侵害，就可以提起行政诉讼。在编制上，行政单位的工作人员，除了那些勤杂工、临时工，都是公务员编制。
2、事业单位一般是带有一定的公益性质的机构，与公务员是不同的。分为全额拨款事业单位，如学校等，差额拨款事业单位，如医院等，还有一种是自主事业单位，是不拨款的事业单位。公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事物管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务。
3、担负的职责不同。行政单位是负责对各项行政事务进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动，根据不同的管理模式实行不同的待遇。行政单位或事业单位根据根据工作性质，也有具有行政事业编制的非公务员的人就职。
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