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1、在级别上，政府直属事业单位一般都比较高，比如地市级，政府直属的事业单位一般都是正处级单位，至少是副处级，而非政府直属由部门主管的普通公益一类事业单位，多半是科级，部分是副处级，极少数是正处级。当然，集公益一类和政府直属两个属性于一体的事业单位另当别论。
2、在种类上，政府直属事业单位更多元，如前所述，既可能是公益一类事业单位，也可能是公益二类，更有的是参公性质。换言之，政府直属事业单位多半是公益一类（少数参公或二类），但不一定全部是公益一类，反过来公益一类也不一定是政府直属，相反更多的是部门主管。
3、在财政供养上，政府直属事业单位多半是全额拨款性质，但并非全部都是全额拨款，比如公益二类的广播电视台就属于差额拨款事业单位。而公益一类则可以肯定是全额拨款性质。
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