市直事业单位和区直事业单位的区别主要表现在定义差别和待遇区别上，具体如下：
一、定义差别
事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事物管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。
1、其中市直单位是是指由市党委、市人大、市政府委任主要领导人的部、委、办、局等直属单位和直属部门。市事业单位是属于市政府管理的，工资由市财政进行拨款。工资经费由区政府财政拨款。
2、而区直单位是指那些在这个行政区管辖范围内的具有特殊性或重要性的单位，属于基层范畴，工作量较大。区事业单位是属于去区政府管理，工资经费由区政府财政拨款。
二、待遇区别
从基本工资来说，如果级别相同，工资是一样的，但是津贴待遇福利方面是不一样的，市事业单位的人津贴普遍要比区事业单位高。
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