【思路】
本题主要考查取消农业税的权限（立法法中对于税收立法权的规定）。
A项：错误。国家税务总局主管税收工作，参与研究宏观经济政策、中央与地方的税权划分，提出完善分税制的建议，但没有权力取消任何一项税种。
B项：错误。财政部承担中央各项财政收支管理的责任，负责政府非税收收入管理，负责政府性基金管理等多项职能，但没有权力取消任何一项税种。
C项：错误。国务院只能依照法律授权，减征或者免征某一税种。本题中，尽管此前国务院已经决定减征和免征农业税，但是无权彻底取消农业税。
D项：正确。根据《立法法》第八条第（八）项规定，有关税收的基本制度只能制定法律。十八届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》第八章“加强社会主义民主政治制度建设”中专门提出“落实税收法定原则”,因此，国家设立或者取消某一税种，是全国人大及其常委会的专属立法权。2005年12月29日，全国人民代表大会常务委员会做出关于废止《中华人民共和国农业税条例》的决定。
因此，答案为D。
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